שר החינוך התייחס לטיפולי המרה ללהט"ב בריאיון לחדשות 12 ואמר ש"יש לי היכרות עמוקה בנושא החינוך וגם עשיתי את זה". במערכת הפוליטית ובקהילה הגאה יצאו נגד אמירתו של פרץ וקראו לראש הממשלה לפטר אותו מתפקידו.
באגודה למען הלהט"ב דרשו מראש הממשלה בנימין נתניהו לפטר את פרץ מתפקידו. "אסור שילדות וילדי ישראל ייחשפו לרעל הלהט"בופובי שמפיץ מי שמתיימר לעסוק בחינוך וערכים", נמסר מטעם האגודה. "אנחנו ממליצים לפרץ לנסות בעצמו טיפולי המרה מסוג אחר: טיפולי המרה נגד שנאת האחר ובעד אהבת חינם, נגד דעות חשוכות ובעד פתיחות וקבלה".
ראש הממשלה אמר בתגובה כי "דבריו של שר החינוך ביחס לקהילה הגאה אינם מקובלים עליי ואינם משקפים את עמדת הממשלה בראשותי". נתניהו הוסיף כי שוחח הערב עם פרץ, "שהבהיר את דבריו והדגיש כי מערכת החינוך הישראלית תמשיך לקבל את כל ילדות וילדי ישראל באשר הם, ללא שום הבדל של נטייה מינית".
גם סגן ראש העיר חיפה, דוד עציוני, גינה את הדברים: "מגנה בתוקף את דברי שר החינוך הרב רפי פרץ. "טיפולי המרה" הם דבר מסוכן שגורם לצעירים וצעירות להרגיש שונים מהחברה עד כדי אובדנות. רפי, לכל אדם בישראל ובעולם הזכות לאהוב את מי שהוא בוחר ואין לך או לאף אחד אחר זכות להתערב בכך. אולי הגיע הזמן שיהיו טיפולי המרה לאנשים עם דעות חשוכות".